Kerzers ist seit dem Rückzug des Rhonegletschers aus dem Mittelland, vor ca. 10'000 Jahren, kontinuierlich besiedelt worden. Zur Römerzeit, an der wichtigen Strasse von Aventicum nach Salodurum gelegen, trug der Ort den Namen «ad Carcerem», was unter anderem «Umzäunung», «Einfriedung», «Kerker» bedeutet. In alten Urkunden tauchen folgende Schreibweisen des Ortsnamens auf: Chartris Villa (926), Kercers (1153), Chiertri (1228), Kerzers (1276) und Chiertres (1285).
Die Kirche, welche man auf einem vorchristlichen Kultplatz errichtet hatte, wurde im Jahre 961 mit ihren Einkünften von der frühburgundischen Königin Berta dem Kloster Payerne zur Ausstattung des Klosterbesitzes geschenkt. In diesem Zusammenhang ist zu erwähnen, dass Kerzers, im Jahre 1530, die Reformation - welche von Bern stark gefördert wurde - annahm.
Politisch war Kerzers bis zur Eroberung des Murtenbietes durch die Berner und Freiburger im Jahre 1475 den Grafen von Savoyen untertan. Ein Frei- heitsbrief gewährte dem Dorf indessen gewisse Vorrechte und Eigenständigkeiten (Aufnahme neuer Bürger in die Dorfgemeinschaft, Landverteilungs- recht, eigene Weibel, eigene Metzgerei). 1475 wurde das Murtenbiet von Bern und Freiburg gemeinsam erobert und blieb deren gemeine Herrschaft bis zum Fall der alten Eidgenossenschaft im Jahre 1798. Die verbrieften Vorrechte blieben dem Dorf auch unter der Herrschaft der Berner und Freiburger erhalten.
Während des Laupenkrieges, im Jahr 1339, wurde Kerzers in Schutt und Asche gelegt. Das gleiche Schicksal erlitt es, als die Truppen Karls des Kühnen 1476 Murten belagerten. Weitere grosse Feuersbrünste ereilten das Dorf in den Jahren 1558, 1764, 1799 und 1881.
Mit dem Einmarsch der Franzosen, 1789, endete die gemeine Herrschaft, und im Jahr 1803, nach dem Ende der Helvetischen Republik, wurde Kerzers endgültig dem Kanton Freiburg zugeteilt.